🗊 Геометрия и “живые” молекулы

Категория: Геометрия
Нажмите для полного просмотра!
Геометрия и “живые” молекулы , слайд №1 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №2 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №3 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №4 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №5 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №6 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №7 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №8 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №9 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №10 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №11 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №12 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №13 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №14 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №15 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №16 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №17 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №18 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №19 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №20 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №21 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №22 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №23 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №24 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №25 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №26 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №27 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №28 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №29 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №30 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №31 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №32 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №33 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №34 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №35 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №36 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №37 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №38 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №39 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №40 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №41 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №42 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №43 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №44 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №45 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №46 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №47 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №48 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №49 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №50 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №51 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №52 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №53 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №54 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №55 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №56 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №57 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №58 Геометрия и “живые” молекулы , слайд №59
Скачать

Содержание ▲

Вы можете ознакомиться и скачать Геометрия и “живые” молекулы . Презентация содержит 59 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1


Геометрия и “живые” молекулы
Описание слайда:
Геометрия и “живые” молекулы

Слайд 2


“Живые” молекулы ДНК – центральный архив информации; содержит инструкции (1) по производству белков; (2) по тому, когда, каким клеткам и какие белки производить Белки – активные действующие лица, “живые” … РНК ….
Описание слайда:
“Живые” молекулы ДНК – центральный архив информации; содержит инструкции (1) по производству белков; (2) по тому, когда, каким клеткам и какие белки производить Белки – активные действующие лица, “живые” … РНК ….

Слайд 3


3D Геометрия – это наука о пространственных отношениях между телами, поверхностями, линиями и точками
Описание слайда:
3D Геометрия – это наука о пространственных отношениях между телами, поверхностями, линиями и точками

Слайд 4


Вот как выглядят белки
Описание слайда:
Вот как выглядят белки

Слайд 5


Еще примеры: РНК-зависимая РНК полимераза полиовируса
Описание слайда:
Еще примеры: РНК-зависимая РНК полимераза полиовируса

Слайд 6


А важна ли 3D геометрия молекул?
Описание слайда:
А важна ли 3D геометрия молекул?

Слайд 7


Пример удачного описания 3D геометрии живого
Описание слайда:
Пример удачного описания 3D геометрии живого

Слайд 8


В чем состоит описание этого 3D объекта Выделяем структурные единицы – части, эти части имеют названия Функции частей нам известны Подвижность частей нам тоже известна Внутреннее строение частей описано наукой (анатомией, физиологией) Важные геометрические параметры объекта и его частей и их вариации у разных объектов данного класса тоже описаны (рост, длина руки, форма зубов и др.)
Описание слайда:
В чем состоит описание этого 3D объекта Выделяем структурные единицы – части, эти части имеют названия Функции частей нам известны Подвижность частей нам тоже известна Внутреннее строение частей описано наукой (анатомией, физиологией) Важные геометрические параметры объекта и его частей и их вариации у разных объектов данного класса тоже описаны (рост, длина руки, форма зубов и др.)

Слайд 9


Как мы все это узнали? Глаза… Длительное наблюдение за объектами Возможность измерять …. Анатомия, физиология, биометрика …. ….
Описание слайда:
Как мы все это узнали? Глаза… Длительное наблюдение за объектами Возможность измерять …. Анатомия, физиология, биометрика …. ….

Слайд 10


“Живые” молекулы - маленькие ДНК: толщина - 20Å , длина - ? (участок из 10 пар оснований имеет длину около 35 Å) (геном кишечной палочки – около 5 млн пар оснований 4639675 п.о.) (геном человека – более 3 млрд пар оснований) РНК: тРНК имеет диаметр около 70Å Диаметр белка может быть от 10 до многих сотен ангстрем (и даже тысяч)
Описание слайда:
“Живые” молекулы - маленькие ДНК: толщина - 20Å , длина - ? (участок из 10 пар оснований имеет длину около 35 Å) (геном кишечной палочки – около 5 млн пар оснований 4639675 п.о.) (геном человека – более 3 млрд пар оснований) РНК: тРНК имеет диаметр около 70Å Диаметр белка может быть от 10 до многих сотен ангстрем (и даже тысяч)

Слайд 11


Если бы мы могли стать очень маленькими и поместились бы в одну живую клетку, то увидели бы …..
Описание слайда:
Если бы мы могли стать очень маленькими и поместились бы в одну живую клетку, то увидели бы …..

Слайд 12


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №12
Описание слайда:

Слайд 13


Как же нарисовали модели белков? Рентгено-структурный анализ - примерно, одномоментная фотография одной молекулы (или одновременно нескольких связанных друг с другом молекул), образующих кристаллическую структуру. Не видим: движения белков, подвижность отдельных частей(*), поведения при встрече с другими молекулами и др. Приходится а) проводить эксперименты; б) интерпретировать результаты и, часто, догадываться о том, что происходит
Описание слайда:
Как же нарисовали модели белков? Рентгено-структурный анализ - примерно, одномоментная фотография одной молекулы (или одновременно нескольких связанных друг с другом молекул), образующих кристаллическую структуру. Не видим: движения белков, подвижность отдельных частей(*), поведения при встрече с другими молекулами и др. Приходится а) проводить эксперименты; б) интерпретировать результаты и, часто, догадываться о том, что происходит

Слайд 14


Геометрическое описание РНК-зависимой РНК полимеразы полиовируса, наверное, должно выглядеть так:
Описание слайда:
Геометрическое описание РНК-зависимой РНК полимеразы полиовируса, наверное, должно выглядеть так:

Слайд 15


Про жирафа и объем наших знаний о жизни белков
Описание слайда:
Про жирафа и объем наших знаний о жизни белков

Слайд 16


ДНК – архив информации Значит, должны быть Писатели (???!!!) Читатели, которые используют информацию Архивариусы, которые следят за тем, чтобы нужную информацию получали нужные читатели, заботились об архиве Копировщики архива (клетки размножаются)
Описание слайда:
ДНК – архив информации Значит, должны быть Писатели (???!!!) Читатели, которые используют информацию Архивариусы, которые следят за тем, чтобы нужную информацию получали нужные читатели, заботились об архиве Копировщики архива (клетки размножаются)

Слайд 17


Два способа чтения ДНК белками
Описание слайда:
Два способа чтения ДНК белками

Слайд 18


В ДНК закодирована информация AAATTGCGCTTTCCAGGG … или вроде того И как же ее переписать, разглядывая (нам, людям) или “щупая” (ДНК-зависимой РНК-полимеразе)? AGCTGAATTCAGCTGAAC
Описание слайда:
В ДНК закодирована информация AAATTGCGCTTTCCAGGG … или вроде того И как же ее переписать, разглядывая (нам, людям) или “щупая” (ДНК-зависимой РНК-полимеразе)? AGCTGAATTCAGCTGAAC

Слайд 19


Этим и займемся – для участка ДНК
Описание слайда:
Этим и займемся – для участка ДНК

Слайд 20


Сахаро-фосфатный остов ДНК (выделен)
Описание слайда:
Сахаро-фосфатный остов ДНК (выделен)

Слайд 21


В каком направлении читать ДНК?
Описание слайда:
В каком направлении читать ДНК?

Слайд 22


Глазами легко увидеть различные пары оснований
Описание слайда:
Глазами легко увидеть различные пары оснований

Слайд 23


ДНК-зависимая РНК-полимераза только переписывает буквы расплетает две цепи ДНК изгибает одну цепь так, как ей удобно работает с каждым основанием по отдельности располагает это основание в стандартном положении коды атомов основания – донор протона или акцептор протона позволяют ей правильно подобрать комплементарное основание
Описание слайда:
ДНК-зависимая РНК-полимераза только переписывает буквы расплетает две цепи ДНК изгибает одну цепь так, как ей удобно работает с каждым основанием по отдельности располагает это основание в стандартном положении коды атомов основания – донор протона или акцептор протона позволяют ей правильно подобрать комплементарное основание

Слайд 24


Схема работы ДНК-зависимой РНК полимеразы
Описание слайда:
Схема работы ДНК-зависимой РНК полимеразы

Слайд 25


Вот как выглядят коды оснований в расплетенной цепи ДНК
Описание слайда:
Вот как выглядят коды оснований в расплетенной цепи ДНК

Слайд 26


Коды оснований, используемые при переписывании (транскрипции)
Описание слайда:
Коды оснований, используемые при переписывании (транскрипции)

Слайд 27


Регуляторным белкам приходится читать ДНК, не расплетая цепей История про белок TetR
Описание слайда:
Регуляторным белкам приходится читать ДНК, не расплетая цепей История про белок TetR

Слайд 28


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №28
Описание слайда:

Слайд 29


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №29
Описание слайда:

Слайд 30


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №30
Описание слайда:

Слайд 31


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №31
Описание слайда:

Слайд 32


Вот он, белок TetR, собственной персоной
Описание слайда:
Вот он, белок TetR, собственной персоной

Слайд 33


Чтобы выполнить свою миссию, молекула TetR должна отыскать на ДНК участок с последовательностью
Описание слайда:
Чтобы выполнить свою миссию, молекула TetR должна отыскать на ДНК участок с последовательностью

Слайд 34


Давайте читать ДНК, на расплетая цепей!
Описание слайда:
Давайте читать ДНК, на расплетая цепей!

Слайд 35


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №35
Описание слайда:

Слайд 36


“Химический код” в большой бороздке ДНК
Описание слайда:
“Химический код” в большой бороздке ДНК

Слайд 37


Разглядывая большую бороздку, человек может узнать последовательность ДНК, не расплетая двойной спирали.
Описание слайда:
Разглядывая большую бороздку, человек может узнать последовательность ДНК, не расплетая двойной спирали.

Слайд 38


Поверхность дна большой бороздки ДНК хорошо приближается поверхностью, называемой “Геликоид”.
Описание слайда:
Поверхность дна большой бороздки ДНК хорошо приближается поверхностью, называемой “Геликоид”.

Слайд 39


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №39
Описание слайда:

Слайд 40


Большая бороздка ДНК, приближенная геликоидом
Описание слайда:
Большая бороздка ДНК, приближенная геликоидом

Слайд 41


Ось ДНК проходит по дну большой бороздки и совпадает с осью геликоида
Описание слайда:
Ось ДНК проходит по дну большой бороздки и совпадает с осью геликоида

Слайд 42


Давайте изобретать белок для распознавания ДНК! Белок глобулярный, т.е. сохраняет свою форму, очень условно, эллипсоидальную В нем нет длинных гибких “щупалец” Значит, надо изобрести структурную единицу белка, помещающуюся в большую бороздку Такой структурной единицей может быть альфа-спираль
Описание слайда:
Давайте изобретать белок для распознавания ДНК! Белок глобулярный, т.е. сохраняет свою форму, очень условно, эллипсоидальную В нем нет длинных гибких “щупалец” Значит, надо изобрести структурную единицу белка, помещающуюся в большую бороздку Такой структурной единицей может быть альфа-спираль

Слайд 43


Вот как это делает тетрациклиновый репрессор
Описание слайда:
Вот как это делает тетрациклиновый репрессор

Слайд 44


Некоторые выводы Одна молекула белка взаимодействует с коротким участком ДНК - 4-5 пар оснований В большой бороздке ДНК белок ищет шифр в области поверхности большой бороздки; для него ДНК не разделена на пары оснований Форма поверхности большой бороздки важна для узнавания своего участка ДНК
Описание слайда:
Некоторые выводы Одна молекула белка взаимодействует с коротким участком ДНК - 4-5 пар оснований В большой бороздке ДНК белок ищет шифр в области поверхности большой бороздки; для него ДНК не разделена на пары оснований Форма поверхности большой бороздки важна для узнавания своего участка ДНК

Слайд 45


Регуляторным белкам надо узнавать участки ДНК из ок. 10 пар оснований, как минимум… Димеризация белка – это способ удлинить узнаваемый участок Какое свойство последовательности регуляторного участка ДНК (участка, который узнает регуляторный белок) следует ожидать из-за того, что этот белок димеризуется?
Описание слайда:
Регуляторным белкам надо узнавать участки ДНК из ок. 10 пар оснований, как минимум… Димеризация белка – это способ удлинить узнаваемый участок Какое свойство последовательности регуляторного участка ДНК (участка, который узнает регуляторный белок) следует ожидать из-за того, что этот белок димеризуется?

Слайд 46


Димер тетрациклинового репрессора на ДНК
Описание слайда:
Димер тетрациклинового репрессора на ДНК

Слайд 47


Вот последовательность, узнаваемая тетрациклиновым репрессором
Описание слайда:
Вот последовательность, узнаваемая тетрациклиновым репрессором

Слайд 48


Тетрациклиновый репрессор умеет узнавать участок ДНК со свой любимой последовательностью Тетрациклиновый репрессор умеет узнавать участок ДНК со свой любимой последовательностью Люди (даже ученые  ) не научились как следует решать эту задачу!!! Задача. Дан регуляторный белок; знаем все о его строении. Найти участок ДНК, с которым этот белок свяжется – т.е. указать последовательность ДНК этого участка
Описание слайда:
Тетрациклиновый репрессор умеет узнавать участок ДНК со свой любимой последовательностью Тетрациклиновый репрессор умеет узнавать участок ДНК со свой любимой последовательностью Люди (даже ученые  ) не научились как следует решать эту задачу!!! Задача. Дан регуляторный белок; знаем все о его строении. Найти участок ДНК, с которым этот белок свяжется – т.е. указать последовательность ДНК этого участка

Слайд 49


Значит, мы знаем не все, что использует белок для узнавания Роль растворителя – воды, ионов Геометрия участка ДНК может зависеть от последовательности оснований Изгибаемость двойной спирали ДНК может зависеть от последовательности оснований …..
Описание слайда:
Значит, мы знаем не все, что использует белок для узнавания Роль растворителя – воды, ионов Геометрия участка ДНК может зависеть от последовательности оснований Изгибаемость двойной спирали ДНК может зависеть от последовательности оснований …..

Слайд 50


Почему же тетрациклиновый репрессор, связавшись с тетрациклином, перестает связываться с ДНК?
Описание слайда:
Почему же тетрациклиновый репрессор, связавшись с тетрациклином, перестает связываться с ДНК?

Слайд 51


Вернемся к порину и зеленому флюоресцентному белку:
Описание слайда:
Вернемся к порину и зеленому флюоресцентному белку:

Слайд 52


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №52
Описание слайда:

Слайд 53


Капсид вируса - сателлита вируса табачной мозаики – сложен из 60 одинаковых молекул белка.
Описание слайда:
Капсид вируса - сателлита вируса табачной мозаики – сложен из 60 одинаковых молекул белка.

Слайд 54


Вот адрес базы данных PDB, в которой хранятся 3D структуры белков, ДНК, РНК:
Описание слайда:
Вот адрес базы данных PDB, в которой хранятся 3D структуры белков, ДНК, РНК:

Слайд 55


Вот откуда можно скачать программу Rasmol, позволяющую смотреть на 3D структуры в формате PDB
Описание слайда:
Вот откуда можно скачать программу Rasmol, позволяющую смотреть на 3D структуры в формате PDB

Слайд 56


Вот PDB коды 3D структур, использованных в презентации Нуклеосома 1aoi Зеленый флюоресцентный белок 1hcj Порин 1osm Тетрациклиновый репрессор в комплексе с тетрациклином 2trt (скачивать Biological unit) Тетрациклиновый репрессор в комплексе с ДНК 1qpi (скачивать Biological unit) РНК-зависимая РНК-полимераза 1ra6
Описание слайда:
Вот PDB коды 3D структур, использованных в презентации Нуклеосома 1aoi Зеленый флюоресцентный белок 1hcj Порин 1osm Тетрациклиновый репрессор в комплексе с тетрациклином 2trt (скачивать Biological unit) Тетрациклиновый репрессор в комплексе с ДНК 1qpi (скачивать Biological unit) РНК-зависимая РНК-полимераза 1ra6

Слайд 57


Оболочка вируса, вызывающего “мозаику” огурцов
Описание слайда:
Оболочка вируса, вызывающего “мозаику” огурцов

Слайд 58


Геометрия и “живые” молекулы , слайд №58
Описание слайда:

Слайд 59


Вирус ящура
Описание слайда:
Вирус ящура

Скачать

Похожие презентации
Mypresentation.ru
Загрузить презентацию