Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики

Нажмите для полного просмотра!

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №2

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №3

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №4

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №5

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №6

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №7

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №8

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №9

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №10

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №11

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №12

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №13

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №14

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №15

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №16

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №17

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №18

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №19

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №20

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №21

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №22

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №23

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №24

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №25

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №26

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №27

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №28

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №29

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №30

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №31

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №32

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №33

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №34

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №35

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №36

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №37

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №38

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №39

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №40

Содержание ▲

Вы можете ознакомиться и скачать презентацию на тему Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики. Доклад-сообщение содержит 40 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Mypresentation Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1

Описание слайда:

Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики Ким Александра Валерьевна, Институт химической кинетики и горения СО РАН, Новосибирск

Слайд 2

Описание слайда:

Свободная энергия?

Слайд 3

Описание слайда:

Свободная энергия Гиббса NPT-ансамбль:

Слайд 4

Описание слайда:

Свободная энергия Гиббса движущая сила, приводящая систему к равновесию, в равновесии – минимальна. выгодный процесс (спонтанный) невыгодный (неспонтанный)

Слайд 5

Описание слайда:

Предсказательная сила Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно. Предсказать вероятность нахождения интересующего состояния растворима ли молекула, свяжутся ли молекулы и т.д.

Слайд 6

Описание слайда:

Вероятность найти систему в состоянии i Средняя энергия:

Слайд 7

Описание слайда:

Как посчитать? Как велика статсумма?

Слайд 8

Описание слайда:

Растворение

Слайд 9

Описание слайда:

Метод Видома Избыточный химический потенциал внедрения частицы

Слайд 10

Описание слайда:

Растворение большой молекулы

Слайд 11

Описание слайда:

Перекрывание фазовых пространств

Слайд 12

Описание слайда:

Перекрывание фазовых пространств

Слайд 13

Описание слайда:

Перекрывание фазовых пространств

Слайд 14

Описание слайда:

Растворение большой молекулы

Слайд 15

Описание слайда:

Растворение большой молекулы

Слайд 16

Описание слайда:

Алхимические превращения

Слайд 17

Описание слайда:

Мягкое ядро (soft core)

Слайд 18

Описание слайда:

На практике Сделать топологию, в которой: атомы растворённой молекулы имеют нулевые параметры LJ заряды растворённой молекулы равны 0 Провести моделирование системы с рядом значений параметра порядка Провести моделирование системы в вакууме при Свободная энергия растворения будет равна

Слайд 19

Описание слайда:

для разных Отключение Кулона и Леннард-Джонса:

Слайд 20

Описание слайда:

Суммарная

Слайд 21

Описание слайда:

Перекрывание распределений

Слайд 22

Описание слайда:

Или суммировать с весами? MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)* Минимизирует погрешность, подбирая весовые функции Реализован в пакете GROMACS

Слайд 23

Описание слайда:

Свободная энергия растворения C8E6

Слайд 24

Описание слайда:

Растворение нескольких молекул

Слайд 25

Описание слайда:

Термодинамический цикл

Слайд 26

Описание слайда:

Свободная энергия гидрофобного взаимодействия

Слайд 27

Описание слайда:

Umbrella sampling

Слайд 28

Описание слайда:

Потенциал средней силы Глицирризиновая кислота

Слайд 29

Описание слайда:

PMF

Слайд 30

Описание слайда:

Нифедипин

Слайд 31

Описание слайда:

Слайд 32

Описание слайда:

Сходимость PMF

Слайд 33

Описание слайда:

Литература Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides G. Pieffet, Alan E. Mark. Introduction to free energy calculation methods. Url Justin A. Lemkul. Simple free energy calculations. (D. Mobley tutorial using BAR for methane). Url Sander Pronk. Tutorial for calculating a free energy of solvation of ethanol. pdf

Слайд 34

Описание слайда:

Литература Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy calculations. The Journal of Physical Chemistry B, 114(32), 10235-10253. Klimovich, P. V., Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2015). Guidelines for the analysis of free energy calculations. Journal of computer-aided molecular design, 29(5), 397-411. Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2013). An introduction to best practices in free energy calculations. In Biomolecular Simulations (pp. 271-311). Humana Press, Totowa, NJ.

Слайд 35

Описание слайда:

Thank you!

Слайд 36

Описание слайда:

Диффузия и проницаемость

Слайд 37

Описание слайда:

Диффузия и проницаемость Проницаемость мембраны для малой молекулы, информация из профиля PMF была скомбинирована с коэффициентом диффузии через мембрану. , где интегрируется сопротивление «слоёв» мембраны по z.