🗊Презентация Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики

Категория: Физика
Нажмите для полного просмотра!
Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №1Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №2Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №3Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №4Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №5Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №6Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №7Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №8Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №9Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №10Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №11Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №12Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №13Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №14Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №15Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №16Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №17Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №18Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №19Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №20Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №21Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №22Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №23Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №24Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №25Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №26Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №27Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №28Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №29Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №30Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №31Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №32Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №33Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №34Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №35Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №36Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №37Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №38Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №39Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №40
Скачать

Содержание ▲

Вы можете ознакомиться и скачать презентацию на тему Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики. Доклад-сообщение содержит 40 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Mypresentation Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1


Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики Ким Александра Валерьевна, Институт химической кинетики и горения СО РАН, Новосибирск
Описание слайда:
Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики Ким Александра Валерьевна, Институт химической кинетики и горения СО РАН, Новосибирск

Слайд 2


Свободная энергия?
Описание слайда:
Свободная энергия?

Слайд 3


Свободная энергия Гиббса NPT-ансамбль:
Описание слайда:
Свободная энергия Гиббса NPT-ансамбль:

Слайд 4


Свободная энергия Гиббса движущая сила, приводящая систему к равновесию, в равновесии – минимальна. выгодный процесс (спонтанный) невыгодный (неспонтанный)
Описание слайда:
Свободная энергия Гиббса движущая сила, приводящая систему к равновесию, в равновесии – минимальна. выгодный процесс (спонтанный) невыгодный (неспонтанный)

Слайд 5


Предсказательная сила Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно. Предсказать вероятность нахождения интересующего состояния растворима ли молекула, свяжутся ли молекулы и т.д.
Описание слайда:
Предсказательная сила Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно. Предсказать вероятность нахождения интересующего состояния растворима ли молекула, свяжутся ли молекулы и т.д.

Слайд 6


Вероятность найти систему в состоянии i Средняя энергия:
Описание слайда:
Вероятность найти систему в состоянии i Средняя энергия:

Слайд 7


Как посчитать? Как велика статсумма?
Описание слайда:
Как посчитать? Как велика статсумма?

Слайд 8


Растворение
Описание слайда:
Растворение

Слайд 9


Метод Видома Избыточный химический потенциал внедрения частицы
Описание слайда:
Метод Видома Избыточный химический потенциал внедрения частицы

Слайд 10


Растворение большой молекулы
Описание слайда:
Растворение большой молекулы

Слайд 11


Перекрывание фазовых пространств
Описание слайда:
Перекрывание фазовых пространств

Слайд 12


Перекрывание фазовых пространств
Описание слайда:
Перекрывание фазовых пространств

Слайд 13


Перекрывание фазовых пространств
Описание слайда:
Перекрывание фазовых пространств

Слайд 14


Растворение большой молекулы
Описание слайда:
Растворение большой молекулы

Слайд 15


Растворение большой молекулы
Описание слайда:
Растворение большой молекулы

Слайд 16


Алхимические превращения
Описание слайда:
Алхимические превращения

Слайд 17


Мягкое ядро (soft core)
Описание слайда:
Мягкое ядро (soft core)

Слайд 18


На практике Сделать топологию, в которой: атомы растворённой молекулы имеют нулевые параметры LJ заряды растворённой молекулы равны 0 Провести моделирование системы с рядом значений параметра порядка Провести моделирование системы в вакууме при Свободная энергия растворения будет равна
Описание слайда:
На практике Сделать топологию, в которой: атомы растворённой молекулы имеют нулевые параметры LJ заряды растворённой молекулы равны 0 Провести моделирование системы с рядом значений параметра порядка Провести моделирование системы в вакууме при Свободная энергия растворения будет равна

Слайд 19


для разных Отключение Кулона и Леннард-Джонса:
Описание слайда:
для разных Отключение Кулона и Леннард-Джонса:

Слайд 20


Суммарная
Описание слайда:
Суммарная

Слайд 21


Перекрывание распределений
Описание слайда:
Перекрывание распределений

Слайд 22


Или суммировать с весами? MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)* Минимизирует погрешность, подбирая весовые функции Реализован в пакете GROMACS
Описание слайда:
Или суммировать с весами? MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)* Минимизирует погрешность, подбирая весовые функции Реализован в пакете GROMACS

Слайд 23


Свободная энергия растворения C8E6
Описание слайда:
Свободная энергия растворения C8E6

Слайд 24


Растворение нескольких молекул
Описание слайда:
Растворение нескольких молекул

Слайд 25


Термодинамический цикл
Описание слайда:
Термодинамический цикл

Слайд 26


Свободная энергия гидрофобного взаимодействия
Описание слайда:
Свободная энергия гидрофобного взаимодействия

Слайд 27


Umbrella sampling
Описание слайда:
Umbrella sampling

Слайд 28


Потенциал средней силы Глицирризиновая кислота
Описание слайда:
Потенциал средней силы Глицирризиновая кислота

Слайд 29


PMF
Описание слайда:
PMF

Слайд 30


Нифедипин
Описание слайда:
Нифедипин

Слайд 31


Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики, слайд №31
Описание слайда:

Слайд 32


Сходимость PMF
Описание слайда:
Сходимость PMF

Слайд 33


Литература Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides G. Pieffet, Alan E. Mark. Introduction to free energy calculation methods. Url Justin A. Lemkul. Simple free energy calculations. (D. Mobley tutorial using BAR for methane). Url Sander Pronk. Tutorial for calculating a free energy of solvation of ethanol. pdf
Описание слайда:
Литература Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides G. Pieffet, Alan E. Mark. Introduction to free energy calculation methods. Url Justin A. Lemkul. Simple free energy calculations. (D. Mobley tutorial using BAR for methane). Url Sander Pronk. Tutorial for calculating a free energy of solvation of ethanol. pdf

Слайд 34


Литература Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy calculations. The Journal of Physical Chemistry B, 114(32), 10235-10253. Klimovich, P. V., Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2015). Guidelines for the analysis of free energy calculations. Journal of computer-aided molecular design, 29(5), 397-411. Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2013). An introduction to best practices in free energy calculations. In Biomolecular Simulations (pp. 271-311). Humana Press, Totowa, NJ.
Описание слайда:
Литература Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy calculations. The Journal of Physical Chemistry B, 114(32), 10235-10253. Klimovich, P. V., Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2015). Guidelines for the analysis of free energy calculations. Journal of computer-aided molecular design, 29(5), 397-411. Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2013). An introduction to best practices in free energy calculations. In Biomolecular Simulations (pp. 271-311). Humana Press, Totowa, NJ.

Слайд 35


Thank you!
Описание слайда:
Thank you!

Слайд 36


Диффузия и проницаемость
Описание слайда:
Диффузия и проницаемость

Слайд 37


Диффузия и проницаемость Проницаемость мембраны для малой молекулы, информация из профиля PMF была скомбинирована с коэффициентом диффузии через мембрану. , где интегрируется сопротивление «слоёв» мембраны по z.
Описание слайда:
Диффузия и проницаемость Проницаемость мембраны для малой молекулы, информация из профиля PMF была скомбинирована с коэффициентом диффузии через мембрану. , где интегрируется сопротивление «слоёв» мембраны по z.

Слайд 38


PMF для разных молекул
Описание слайда:
PMF для разных молекул

Слайд 39


Проницаемость: корреляция теории и эксперимента К-т линейной коррелляции . Определены границы проницаемости.
Описание слайда:
Проницаемость: корреляция теории и эксперимента К-т линейной коррелляции . Определены границы проницаемости.

Слайд 40


Проницаемость: предсказание (для других молекул) предсказаны корректно
Описание слайда:
Проницаемость: предсказание (для других молекул) предсказаны корректно

Скачать

Похожие презентации
Mypresentation.ru
Загрузить презентацию