🗊Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

Категория: Биология
Нажмите для полного просмотра!
Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №1Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №2Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №3Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №4Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №5Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №6Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №7Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №8Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №9Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №10Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №11Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №12Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №13Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №14Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №15Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №16Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №17Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №18Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №19Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №20Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №21Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №22Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №23Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №24Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №25Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №26Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №27Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №28Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №29Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №30Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №31Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №32Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №33Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №34Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №35Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №36
Скачать

Содержание ▲

Вы можете ознакомиться и скачать Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс. Презентация содержит 36 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1


Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс
Описание слайда:
Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

Слайд 2


разные сети белок-белковые взаимодействия регуляторные сети (фактор-ген) метаболические
Описание слайда:
разные сети белок-белковые взаимодействия регуляторные сети (фактор-ген) метаболические

Слайд 3


свойства сетей N = количество вершин распределение степеней вершин P(k) = вероятность того, что у случайно взятой вершины будет k ребер средняя длина пути между вершинами L
Описание слайда:
свойства сетей N = количество вершин распределение степеней вершин P(k) = вероятность того, что у случайно взятой вершины будет k ребер средняя длина пути между вершинами L

Слайд 4


случайная сеть пуассоновское распределение P(k) = exp(-λ) λk / k! Теорема Эрдеша-Реньи: фазовый переход – возникновение гигантской компоненты средняя длина пути ~ log N
Описание слайда:
случайная сеть пуассоновское распределение P(k) = exp(-λ) λk / k! Теорема Эрдеша-Реньи: фазовый переход – возникновение гигантской компоненты средняя длина пути ~ log N

Слайд 5


scale-free network P(k) ~ k–γ γ>3 – ничего особенного 2<γ<3 – hubs, иерархия γ=2 большой hub, соединенный с большой долей вершин При γ<3 удаление случайной вершины не разрушает сеть, удаление hub’а – разрушает средняя длина пути (при 2<γ<3) ~ log log N
Описание слайда:
scale-free network P(k) ~ k–γ γ>3 – ничего особенного 2<γ<3 – hubs, иерархия γ=2 большой hub, соединенный с большой долей вершин При γ<3 удаление случайной вершины не разрушает сеть, удаление hub’а – разрушает средняя длина пути (при 2<γ<3) ~ log log N

Слайд 6


Random and scale-free P(k) (linear and log scales)
Описание слайда:
Random and scale-free P(k) (linear and log scales)

Слайд 7


Коэффи-циент класте-ризации Мера связи между соседями данной вершины
Описание слайда:
Коэффи-циент класте-ризации Мера связи между соседями данной вершины

Слайд 8


примеры белок-белковые взаимодействия синтетические летали регуляция транскрипции метаболические сети
Описание слайда:
примеры белок-белковые взаимодействия синтетические летали регуляция транскрипции метаболические сети

Слайд 9


Yeast protein interaction network
Описание слайда:
Yeast protein interaction network

Слайд 10


Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №10
Описание слайда:

Слайд 11


Гигантская компонента в графе белок-белковых взаимодействий в дрожжах Красный – летальная мутация Оранжевый – медленный рост Желтый – неизвестно Зеленый – нелетальная мутация
Описание слайда:
Гигантская компонента в графе белок-белковых взаимодействий в дрожжах Красный – летальная мутация Оранжевый – медленный рост Желтый – неизвестно Зеленый – нелетальная мутация

Слайд 12


Белок-белковые взаимодействия в дрожжах: P(k) и размеры связных компонент
Описание слайда:
Белок-белковые взаимодействия в дрожжах: P(k) и размеры связных компонент

Слайд 13


Synthetic lethals in yeast
Описание слайда:
Synthetic lethals in yeast

Слайд 14


Rank vs. degree for metabolites and reactions in Helicobacter pylori
Описание слайда:
Rank vs. degree for metabolites and reactions in Helicobacter pylori

Слайд 15


Transcription regulatory network in baker’s yeast
Описание слайда:
Transcription regulatory network in baker’s yeast

Слайд 16


регуляция транскрипции (дрожжи, ChIP-chip) A: in-degree (относительно регулируемых генов): гистограмма (в полулогарифмических координатах) количества промоторов с заданным числом регуляторов– экспоненциальное распределение (у большинства генов мало регуляторов). Пустые кружки – случайный граф В: out-degree (относительно факторов): гистограмма количества факторов, связывающих заданное количество промоторов – scale-free
Описание слайда:
регуляция транскрипции (дрожжи, ChIP-chip) A: in-degree (относительно регулируемых генов): гистограмма (в полулогарифмических координатах) количества промоторов с заданным числом регуляторов– экспоненциальное распределение (у большинства генов мало регуляторов). Пустые кружки – случайный граф В: out-degree (относительно факторов): гистограмма количества факторов, связывающих заданное количество промоторов – scale-free

Слайд 17


Transcription regulatory network in Homo Sapiens
Описание слайда:
Transcription regulatory network in Homo Sapiens

Слайд 18


Transcription regulatory network in E. coli
Описание слайда:
Transcription regulatory network in E. coli

Слайд 19


зависимость физиологических и геномных свойств от топологии дрожжи: ~10% genes with <5 links are essential >60% genes with >15 links are essential гены с большим числом связей с большей вероятностью имеют ортологов в многоклеточных эукариотах ближе к ортологам из C. elegans
Описание слайда:
зависимость физиологических и геномных свойств от топологии дрожжи: ~10% genes with <5 links are essential >60% genes with >15 links are essential гены с большим числом связей с большей вероятностью имеют ортологов в многоклеточных эукариотах ближе к ортологам из C. elegans

Слайд 20


party hubs и date hubs Бимодальное распределение корреляций уровня экспрессии Красный: hubs Голубой: non-hubs Черный: случайный граф Party hubs: сам и соседи ко-экспрессируются (комплексы) Date hub: нет корреляции в уровнях экспрессии (сигнальные пути)
Описание слайда:
party hubs и date hubs Бимодальное распределение корреляций уровня экспрессии Красный: hubs Голубой: non-hubs Черный: случайный граф Party hubs: сам и соседи ко-экспрессируются (комплексы) Date hub: нет корреляции в уровнях экспрессии (сигнальные пути)

Слайд 21


Устойчивость к атаке (распадение гигантской компоненты) основа сети – party hubs Красный: атака на party hubs Коричневый: атака на все хабы Голубой: атака на date hubs Зеленый: атака на случайные белки
Описание слайда:
Устойчивость к атаке (распадение гигантской компоненты) основа сети – party hubs Красный: атака на party hubs Коричневый: атака на все хабы Голубой: атака на date hubs Зеленый: атака на случайные белки

Слайд 22


мотивы клики много в графах белок-белковых взаимодействий (масс-спек. анализ комплексов – по определению) подграфы фиксированной структуры, встречающиеся существенно чаще, чем в случайном графе (с теми же свойствами)
Описание слайда:
мотивы клики много в графах белок-белковых взаимодействий (масс-спек. анализ комплексов – по определению) подграфы фиксированной структуры, встречающиеся существенно чаще, чем в случайном графе (с теми же свойствами)

Слайд 23


Регуляторный каскад R – транскрипционная регуляция Х – ко-экспрессия
Описание слайда:
Регуляторный каскад R – транскрипционная регуляция Х – ко-экспрессия

Слайд 24


R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Н – гомология
Описание слайда:
R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Н – гомология

Слайд 25


Субъединицы факторов транскрипции R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Н – гомология
Описание слайда:
Субъединицы факторов транскрипции R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Н – гомология

Слайд 26


R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия Н – гомология
Описание слайда:
R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия Н – гомология

Слайд 27


Регулоны R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия Н – гомология
Описание слайда:
Регулоны R – транскрипционная регуляция Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия Н – гомология

Слайд 28


Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия
Описание слайда:
Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия

Слайд 29


Ко-экспрессия в комплексах Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия
Описание слайда:
Ко-экспрессия в комплексах Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия

Слайд 30


S – синтетические летали (слабость) Н – гомология
Описание слайда:
S – синтетические летали (слабость) Н – гомология

Слайд 31


Взаимозаменяемость паралогов (?) S – синтетические летали (слабость) Н – гомология
Описание слайда:
Взаимозаменяемость паралогов (?) S – синтетические летали (слабость) Н – гомология

Слайд 32


Компенсаторные комплексы (?) S – синтетические летали (слабость) Н – гомология Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия
Описание слайда:
Компенсаторные комплексы (?) S – синтетические летали (слабость) Н – гомология Р – белок-белковое взаимодействие Х – ко-экспрессия

Слайд 33


Четверные мотивы: взаимозаменяемость
Описание слайда:
Четверные мотивы: взаимозаменяемость

Слайд 34


Регуляция транскрипции в E.coli Почти все “bi-fan” мотивы связаны друг с другом
Описание слайда:
Регуляция транскрипции в E.coli Почти все “bi-fan” мотивы связаны друг с другом

Слайд 35


эволюция rich get richer дупликации случайные рождения/исчезновение ребер
Описание слайда:
эволюция rich get richer дупликации случайные рождения/исчезновение ребер

Слайд 36


Системная биология – сети М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №36
Описание слайда:

Скачать

Похожие презентации
Mypresentation.ru
Загрузить презентацию