Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

Нажмите для полного просмотра!

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №2

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №3

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №4

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №5

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №6

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №7

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №8

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №9

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №10

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №11

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №12

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №13

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №14

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №15

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №16

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, слайд №17

Содержание ▲

Вы можете ознакомиться и скачать Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс. Презентация содержит 17 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1

Описание слайда:

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

Слайд 2

Описание слайда:

системная биология - модели потоковые линейное программирование эксперименты Виткуп Палссон – необычные источники Палссон – мутанты кинетические – метаболизм регуляторные

Слайд 3

Описание слайда:

Потоковые модели – стационарное состояние Задаем список реакций (стехиометрические соотношения) Задаем балансы метаболитов (синтезируется столько же, сколько расходуется) Задаем другие ограничения (состав среды) Максимизируем производство биомассы (её состав задан) или чего-то еще (АТФ) Это сводится к задаче линейного программирования: выпуклый многогранник задан линейными ограниченими типа равенств (балансы) и неравенств (положительные потоки), надо максимизировать линейный функционал

Слайд 4

Описание слайда:

Уравнения баланса

Слайд 5

Описание слайда:

Пространство решений

Слайд 6

Описание слайда:

Что получается (кишечная палочка) заведомо таким образом можно предсказать принципиальные ограничения на выход продукта – полезно для биотехнологии Удовлетворительно предсказываются потоки в стационарном состоянии если лимитирует углерод если лимитирует азот – хуже потоки при необычном источнике углерода предсказываются хуже но хорошо после того, как на этом источнике жило много поколений – приспособление за счет регуляции?

Слайд 7

Описание слайда:

мутанты фенотип предсказывается хорошо – но не надо было огород городить, достаточно рассмотреть топологию карты метаболических путей (если в результате мутации сильно удлинились пути до необходимых метаболитов, скажем, входящих в биомассу, то такой мутант не живет) к тому же тут внутреннее противоречие – данные о реакциях принципиально неполны, пропущенная (отсутствующая в списке) реакция полностью эквивалентна мутации и впрямь, находили новые реакции (в кишечной палочке) потоки предсказываются плохо, но: надо смотреть не глобальный экстремум, а точку в многограннике, ближайшую к старому экстремуму – тогда все правильно приличные предсказания, если прошло много поколений – приспособления за счет регуляции?

Слайд 8

Описание слайда:

кинетические модели система дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (изолированного) пути

Слайд 9

Описание слайда:

пример (абстрактный)

Слайд 10

Описание слайда:

система уравнений

Слайд 11

Описание слайда:

разные виды кинетических уравнений

Слайд 12

Описание слайда:

пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum

Слайд 13

Описание слайда:

кинетические уравнения фосфоенолпируват карбоксикиназа пируват карбоксилаза L-аспартат амино- трансфераза

Слайд 14

Описание слайда:

проблемы сложно как вычислительно, так и (главное) содержательно основные проблемы помимо вычислительной сложности неустойчивые системы диф. ур. много параметров, часто не известных оценка параметров прямая (редко) косвенная – подгон решений под известный ответ (например, по зависимости концентраций веществ) – минимизация отклонения правила гигиены: оставить часть экспериментальных данных (не использовать при подгонке), потом проверить, насколько хорошо они воспроизводятся

Слайд 15

Описание слайда:

результаты при аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизировать систему, предсказать эффект замены ферментов (изменения констант, снятия ингибирования и т.п.)