Биоинформатическая обработка NGS-данных - презентация, доклад, проект скачать

Нажмите для полного просмотра!

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №1

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №2

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №3

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №4

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №5

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №6

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №7

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №8

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №9

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №10

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №11

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №12

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №13

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №14

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №15

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №16

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №17

Биоинформатическая обработка NGS-данных, слайд №18

Содержание ▲

Вы можете ознакомиться и скачать презентацию на тему Биоинформатическая обработка NGS-данных. Доклад-сообщение содержит 18 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Mypresentation Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1

Описание слайда:

Биоинформатическая обработка NGS-данных Выполнили: Вдовина Юлия Кириллова Арина Фефелова Екатерина Биоинженерия и биоинформатика, 3 курс, ИФиТМ Руководитель: Литвинова Мария Михайловна, к.м.н., доцент, врач-генетик

Слайд 2

Описание слайда:

Слайд 3

Описание слайда:

FastQ Текстовый формат, позволяющий хранить не только нуклеотидную последовательность, но и данные о качестве прочтения каждого нуклеотида Содержит 4 строки: Идентификатор последовательности Прочтение Комментарий Phred quality score

Слайд 4

Описание слайда:

Quality control (QC)

Слайд 5

Описание слайда:

Выравнивание (alignment ) AAC - GCTAACGGTAA AACCGCGAAC - - TAA

Слайд 6

Описание слайда:

Определение вариантов (variant calling) На этом этапе программа определяет варианты, отличающиеся от референсной последовательности (SNPs, SNVs, InDels) SAMtools и GATK На выходе = VCF (Variant Call Format) Вариативность в геномах: SNP = Single Nucleotide Polymorphysm (однонуклеотидный полиморфизм) InDel = инсерция или делеция одного и более нуклеотидов

Слайд 7

Описание слайда:

VCF Стандартный формат для хранения данных о ДНК полиморфизмах, таких как: замены (SNPs), вставки, делеции и структурные варианты (SVs)

Слайд 8

Описание слайда:

Аннотация, фильтрация, приоритизация Проводится аннотирование вариантов и предсказание их влияния на кодируемый белок на основе анализа геномных координат фрагмента (поиск по базам данных известных мутаций ) ANNOVAR, SnpEff Убираются варианты с низким покрытием и низким качеством Варианты ранжируются по частоте, приоритет отдается более редким мутациям (предполагается, что у них большая степень вероятности вызвать заболевание) Приоритизация вариантов по функциональному эффекту (чей эффект наиболее склонен вызвать заболевание) Например: нонсенс мутация обычно наносит больший вред, чем миссенс мутация Для неизвестных вариантов предсказывается возможная патогенность на основе разработанных утилит