🗊Презентация Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD

Категория: Физика
Нажмите для полного просмотра!
Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №1Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №2Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №3Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №4Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №5Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №6Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №7Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №8Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD, слайд №9

Вы можете ознакомиться и скачать презентацию на тему Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD. Доклад-сообщение содержит 9 слайдов. Презентации для любого класса можно скачать бесплатно. Если материал и наш сайт презентаций Mypresentation Вам понравились – поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте в закладки в своем браузере.

Слайды и текст этой презентации


Слайд 1





Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD
Описание слайда:
Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики. Программа XMD

Слайд 2





Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики 
(только примеры, а не полный список)
Описание слайда:
Научные программы, реализующие метод молекулярной динамики (только примеры, а не полный список)

Слайд 3





Программа XMD
Автор: Джон Рифкин (John Rifkin), Университет штата Коннектикут (США)
http://xmd.sourceforge.net/about.html 
Используемые потенциалы: метод погруженного атома для металлов, Стиллингера-Вебера для Si, Терсоффа для С, Si
Описание слайда:
Программа XMD Автор: Джон Рифкин (John Rifkin), Университет штата Коннектикут (США) http://xmd.sourceforge.net/about.html Используемые потенциалы: метод погруженного атома для металлов, Стиллингера-Вебера для Si, Терсоффа для С, Si

Слайд 4





Синтаксис использования
Командное окно Windows (можно использвать FAR manager)
> xmd xmd.in
xmd.in – файл, содержащий команды XMD и вводящий типы и координаты частиц, потенциалы, определяющий условия моделирования и т.д., то есть, составляемый пользователем и управляющий расчетами
название, расширение командного файла могут быть любыми, например, ilike.md, my.txt и т.п.
Описание слайда:
Синтаксис использования Командное окно Windows (можно использвать FAR manager) > xmd xmd.in xmd.in – файл, содержащий команды XMD и вводящий типы и координаты частиц, потенциалы, определяющий условия моделирования и т.д., то есть, составляемый пользователем и управляющий расчетами название, расширение командного файла могут быть любыми, например, ilike.md, my.txt и т.п.

Слайд 5





Ввод основных параметров моделирования
MASS  58.7  (масса атомов в а.е.м.)
DTIME 5.e-15 (шаг времени в сек)
EUNIT uname, uname=erg, joule, K, eV 
READ filename (чтение команд с файла)
READ чаще всего используется для ввода информации, имеющей самостоятельное значение: таблиц с потенциалами, исходных координат и скоростей частиц, например, READ ni.ptf и READ ni.in). Здесь также названия и расширения файлов, с которых считывается информация, могут быть любыми.
Описание слайда:
Ввод основных параметров моделирования MASS 58.7 (масса атомов в а.е.м.) DTIME 5.e-15 (шаг времени в сек) EUNIT uname, uname=erg, joule, K, eV READ filename (чтение команд с файла) READ чаще всего используется для ввода информации, имеющей самостоятельное значение: таблиц с потенциалами, исходных координат и скоростей частиц, например, READ ni.ptf и READ ni.in). Здесь также названия и расширения файлов, с которых считывается информация, могут быть любыми.

Слайд 6





Ввод начальных координат и расчетной ячейки
    READ coord.in
#  Файл coord.in содержит следующую информацию:
	POSITION 3
    1   0.24E-01    0.76E+02   0.88E+00
    1   0.52E-01    0.16E+02   0.11E+00
    1   0.34E+00   0.76E+01   0.88E+01
#  тип      X                  Y               Z
#  0<X<XBOX, 0<Y<YBOX, 0<ZZBOX
    BOX xbox ybox zbox
Описание слайда:
Ввод начальных координат и расчетной ячейки READ coord.in # Файл coord.in содержит следующую информацию: POSITION 3 1 0.24E-01 0.76E+02 0.88E+00 1 0.52E-01 0.16E+02 0.11E+00 1 0.34E+00 0.76E+01 0.88E+01 # тип X Y Z # 0<X<XBOX, 0<Y<YBOX, 0<ZZBOX BOX xbox ybox zbox

Слайд 7





Таблица потенциалов МПА
eunit eV
potential set eam 1
potential embed 1   500  0.000000  0.250000
 0.000000000000000E+00  -0.505170160489967E+00  -0.793178538482671E+00
-0.102174385870394E+01  -0.121748056902693E+01  -0.139157085043753E+01
………………….
potential pair 1 1   499  0.009697  4.838788
 0.145411794129883E+06   0.713742661881313E+05   0.466632980925746E+05
………………….
potential dens 1   500  0.000000  4.838788
 0.000000000000000E+00   0.590101261981482E-04   0.951200176593089E-03
………………….
Описание слайда:
Таблица потенциалов МПА eunit eV potential set eam 1 potential embed 1 500 0.000000 0.250000 0.000000000000000E+00 -0.505170160489967E+00 -0.793178538482671E+00 -0.102174385870394E+01 -0.121748056902693E+01 -0.139157085043753E+01 …………………. potential pair 1 1 499 0.009697 4.838788 0.145411794129883E+06 0.713742661881313E+05 0.466632980925746E+05 …………………. potential dens 1 500 0.000000 4.838788 0.000000000000000E+00 0.590101261981482E-04 0.951200176593089E-03 ………………….

Слайд 8





Параметры, определяющие условия моделирования
   ITEMP temp
   CLAMP temp [cstep] 
   
   PRESSURE CLAMP bulkmodulus [cstep] 
# Bulkmodulus in 1 Мбар=0,1 ТПа 
   
   PRESSURE EXTERNAL pX [ pY pZ ]
Описание слайда:
Параметры, определяющие условия моделирования ITEMP temp CLAMP temp [cstep] PRESSURE CLAMP bulkmodulus [cstep] # Bulkmodulus in 1 Мбар=0,1 ТПа PRESSURE EXTERNAL pX [ pY pZ ]

Слайд 9





Режимы моделирования
QUENCH nstep [nquench=1,2]
CMD nstep 
				repeat 10
				cmd 100
				quench 200
				End
ESAVE nskip file 
WRITE FILE [+]filename QUANTITY 
       QUANTITY=BOX,EATOM,STRESS,PARTICLE
WRITE PDB file
Описание слайда:
Режимы моделирования QUENCH nstep [nquench=1,2] CMD nstep repeat 10 cmd 100 quench 200 End ESAVE nskip file WRITE FILE [+]filename QUANTITY QUANTITY=BOX,EATOM,STRESS,PARTICLE WRITE PDB file



Похожие презентации
Mypresentation.ru
Загрузить презентацию